در سال 1311 شمسی در محله سرپولک ، بازار آهنگرهای تهران در خانواده ای مذهبی، فرزندی به دنیا آمد که او را مصطفی نامیدند. وی دوران ابتدایی را در مدرسه انتصاریه محله پامنار گذراند و دوره متوسطه را در دبیرستان البرز و دارالفنون به پایان رسانید و با ورود به دانشکده فنی در رشته الکترومکانیک تحصیلات عالی خود را آغاز کرد و به عنوان شاگرد اول این دانشکده فارغ التحصیل و در همانجا به مدت یکسال مشغول تدریس شد.مصطفی چمران به سبب علاقه شدیدی که به یادگیری مسائل مذهبی داشت از 15 سالگی در درس تفسیرآیت الله طالقانی و دروس منطق و فلسفه شهید مطهری شرکت داشت  و از این رهگذر بهره های فراوانی برد.

مصطفی چمران به هنگام تحصیل در دانشکده فنی ، به عضویت انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه تهران در آمد و از اعضای  فعال این انجمن شد و در جریانات ملی شدن صنعت نفت و مبارزات پس از آن فعالانه شرکت  داشت.

دکتر مصطفی چمران در سال 1332 ه. ش با استفاده از بورس تحصیلی دانشجویان ممتاز ، جهت ادامه تحصیل عازم آمریکا شد و در دانشگاه کالیفرنیا، تحصیلات خود را آغاز کرد. دکتر مصطفی چمران با دریافت ممتازترین درجه علمی که همراه با تحسین بسیاری از صاحبنظران بود درجه دکترای الکترونیک و فیزیک پلاسما را اخذ کرد. 

"خدمات دكتر مصطفي چمران در سالهاي جنگ بر هيچ ايراني پوشيده نيست؛ يادش گرامي و راهش پر رهرو باد"