بخش دانشجویی جشنواره کشوری شهید مطهری، به منظور شناسایی، تقدیر و حمایت از ایدههای نوآورانه آموزشی دانشجویان و همچنین ایجاد فضای شور و نشاط و رقابت سالم برای افزایش مشارکت دانشجویان در حیطه توسعه و نوآوری آموزش برگزار می شود. به دنبال آغاز به کار رسمی کمیته دانشجویی توسعه آموزش در پاییز سال ۱۳۹۷ ،این کمیته پیشنهاد خود را مبنی بر برگزاری بخش مشخصی از جشنواره شهید مطهری در قالب بخش دانشجویی به مرکز مطالعات و توسعه آموزش پزشکی وزارت و کمیته علمی بیستمین همایش کشوری آموزش علوم پزشکی اعلام کرد و پس از بررسی های صورت گرفته مقدمات لازم برای برگزاری اولین دوره بخش دانشجویی جشنواره شهید مطهری با عنوان" جشنواره دانشجویی ایده های نوآورانه آموزشی" در قالب دوازدهمین جشنواره کشوری شهید مطهری و همزمان با بیستمین همایش کشوری آموزش علوم پزشکی فراهم گردید.